別に悪くはないでしょう。
畳は、経年劣化します。
コルクマットを敷くことにより、保護されるという効果はあるんじゃないかと思います。
実際、私の知人宅でも、そのようにしている例があります。
特に違和感はありませんでした。
コルクマットというと、洋間というイメージがあるのかもしれませんが、畳の和室でも敷いて問題ありません。
あまり気にせず使ってみることをおすすめします。
畳の上に液状のものをこぼしたりすることを考えれば、コルクマットを敷いたほうが良いでしょう。
赤ちゃんのいらっしゃるご家庭では、なおさらのことだと思います。